Amigo
Se você observar, em /home/samba, tem um diretório chamado netlogon.
É aí que você deve colocar os scripts.
Se você em um cliente digitar \\IP_DO_SERVIDOR\netlogon, vai ver que aparece os scripts...
Alternativamente, se você configurou como PDC, ou seja, como um Controlador de Dominio, você pode usar a ferramenta do Windows para gerenciar o AD e criar uma regra GPO para chamar um script...
Pela GPO você tem a vantagem de ser mais flexível, pois vc pode fazer por usuários e por grupos...
Leia essa documentação, pra saber como gerenciar GPO's em um servidor SAMBA 4, a partir de um Windows:
http://wiki.samba.org/index.php/Samba_AD_management_from_windowsValeu